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          生物知識(shí)

          土壤基因組DNA提取試劑盒產(chǎn)品對(duì)比

          作者:m.kjhfd.cn 來(lái)源:網(wǎng)絡(luò) 發(fā)布時(shí)間: 2012-11-30 08:23  瀏覽次數(shù):
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          如果您第一次開(kāi)始土壤微生物多樣性研究,請(qǐng)用FastDNA® Spin Kit for Soil,幾千篇文獻(xiàn)的技術(shù)支持,絕不讓您失望;如果您為樣品珍貴且樣品中基因組量而煩惱,請(qǐng)用FastDNA® Spin Kit for Soil,高效、高重復(fù)性是對(duì)您的信任的最佳回報(bào);如果您是Epicentre試劑盒的使用者,請(qǐng)用FastDNA® Spin Kit for Soil,無(wú)論多臟、多復(fù)雜的土壤,都能完美應(yīng)付;如果您是Mo Bio試劑盒的使用者,請(qǐng)用FastDNA® Spin Kit for Soil


          Mpbio與Mo Bio土壤基因組DNA提取試劑盒產(chǎn)品比較

          產(chǎn)品描述

          FASTDNA®SPIN KIT FOR SOIL(品牌:Mpbio,Cat#:6560200,以下簡(jiǎn)寫(xiě)FastDNA®

          UltraClean®Soil DNA Isolation Kit(品牌:Mo Bio,Cat#:12800,以下簡(jiǎn)寫(xiě)UltraClean®

           

           

          Qustion 1

          試劑盒的工作原理

          Response 1兩個(gè)試劑盒都是由兩部分組成,一部分是樣品處理階段,重在細(xì)胞裂解效果;第二部分就是DNA純化,重在純化和回收效率。試劑盒內(nèi)的組成成分目的和功能差不多相同,但在處理效果上會(huì)差異。

          FastDNA®

          Lysing Matrix E tube(含裂解基質(zhì)裂解細(xì)胞)

          Sodium Phosphate Buffer,MT Buffer(防核酸降解,溶解核酸和蛋白。確保DNA盡量免受RNA污染)

          PPS Solution(蛋白沉淀溶液,去除蛋白污染)

          Binding Matrix(DNA結(jié)合溶液,促進(jìn)DNA與硅膠結(jié)合)

          SPIN Modules,Catch Tubes基于硅石的Geneclean離心純化柱,確保DNA的快速洗脫、高純度)

          Concentrated SEWS-M(溶解和清洗DNA)

          DES(無(wú)DNase、熱原質(zhì)水,確保DNA無(wú)降解及無(wú)外來(lái)熱原質(zhì)污染)

          BBS Gel Loading Dye(基因組DNA上樣緩沖液)

          UltraClean®

          Bead Solution Tubes(含裂解基質(zhì)裂解細(xì)胞)

          Solution S1(含SDS,輔助分解膜上的脂肪酸和脂質(zhì))

          IRS Solution(用于沉淀腐植酸和其他PCR抑制因子)

          Solution S2(含蛋白沉淀試劑,去除蛋白污染)

          Solution S3(DNA結(jié)合鹽溶液)

          Solution S4(清洗DNA,除鹽、腐植酸或其他殘留污物)

          Solution S5(溶解DNA并促離心洗脫)

          Spin Filter Units in 2 ml Tubes,2 ml Collection Tubes

          (基于硅膜的離心純化柱)

          Qustion 2

          可處理樣本?

          Response 2兩個(gè)試劑盒的應(yīng)用范圍都很廣,可用于各種土樣或糞便中的基因組DNA提取。但FastDNA®相對(duì)更廣,它已經(jīng)成功應(yīng)用于海底沉積物、廢水、雪水等環(huán)境樣品中基因組DNA的提取。

          可見(jiàn)參考文獻(xiàn):

          Snow sample —Takahiro Segawa et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 123 - 130.

          Sediment —Tracy J. Mincer et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 7019 - 7028.

          Qustion 3

          細(xì)胞裂解方式及配合使用儀器?

          Response 3:兩個(gè)試劑盒裂解細(xì)胞的方式有所差異,這很大程度影響了基因組DNA提取量及片段的完整性。

          FastDNA®

          (1)裂解介質(zhì)是含3種尺寸的顆粒:1.4 mm陶瓷,0.1 mm的硅顆粒,4 mm的玻璃珠混合物,可控的基質(zhì)顆粒尺寸和數(shù)量,保證實(shí)驗(yàn)的可重復(fù)性;且不同尺寸保證樣品的充分接觸及受力;

          (2)配合FastPrep instrument(Mpbio專(zhuān)有儀器)使用,“8字型”運(yùn)動(dòng)方式使得樣品40 s內(nèi)即可得到充分裂解;更換適配器,可同時(shí)處理1—96個(gè)樣品。

          (3)配合漩渦混勻器或震蕩儀,借助于振動(dòng)和渦旋式?jīng)_擊的混合力裂解細(xì)胞,一般作用2~5 min可充分裂解;可同時(shí)處理多個(gè)樣品。處理方式相對(duì)FastPrep儀器溫和,DNA的完整性相對(duì)高些。

          UltraClean®:

          (1)裂解基質(zhì)是單一玻璃珠;

          (2)配合漩渦混勻器使用,借助于渦旋式?jīng)_擊和振動(dòng)裂解細(xì)胞,處理方式相對(duì)溫和。更換特定的適配器,可同時(shí)處理1-96個(gè)樣品。樣品一般要處理10min左右,相對(duì)輕柔的作用力,可得到較大分子量的DNA,但裂解效果相對(duì)差于FastDNA®。

          Qustion 4

          DNA提取含量及完整性?

          Response 4:FastDNA®提取的基因組DNA效率高于UltraClean®,一般同一樣品濃度高3-5倍左右;

          參考文獻(xiàn):fecal specimens —Merlin W Ariefdjohanet al. (2010).Nutrition Journal., Vol 9: 23

          Sediment —Gordon Webster et al. (2003). Journal of Microbiological Methods 55:155-164.

                   FastDNA®配合FastPrep儀器使用DNA的完整性會(huì)相對(duì)差于UltraClean®。前者的DNA片段為4-20kb,后者的DNA片段最高達(dá)50kb。若不與FastPrep儀器配合使用,DNA的完整性會(huì)明顯得到提高,DNA提取率仍高于UltraClean®。

          Qustion 5

          是否適合高腐殖質(zhì)樣品的處理?

          Response 5兩個(gè)試劑盒都有針對(duì)高腐殖土樣的特殊處理試劑,從而確保基因組DNA提取不受困擾。(因?yàn)楦迟|(zhì)是土樣中普遍存在的成分,也是干擾DNA和RNA提起的重要因素之一)。

          FastDNA®針對(duì)高腐殖質(zhì)的土樣會(huì)提供一個(gè)特殊的protocol。只需多配制5.5M硫氰酸胍溶液即可保證DNA的高提取效率。

          UltraClean®含有IRS Solution(Mobio技術(shù))用來(lái)沉淀腐殖酸和一些PCR干擾因子。

          Qustion 6:

          DNA的純化方式和純度如何?

          Response 6兩個(gè)試劑盒的純化機(jī)制比較類(lèi)似,都是基于硅膜的離心純化柱純化方式,此純化方式可以有效去除部分腐植酸、鹽和一些殘留污染物,得到的DNA都有較高的純度。

          Qustion7

          樣品起始量及整個(gè)工作時(shí)間?

          Response 7

          FastDNA®一般只需500mg的樣品即可達(dá)到需要的DNA;

          整個(gè)提取過(guò)程≤30 min

          Response 7:

          UltraClean®樣品的起始量為0.25-1.0 gram;

          整個(gè)提取過(guò)程30 min

           

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