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          生物知識

          PCR技術(shù)應(yīng)用七:地中海貧血

          作者:admin 來源:本站 發(fā)布時間: 2011-01-05 11:06  瀏覽次數(shù):
          購買進口儀器、試劑和耗材——就在始于2001年的畢特博生物 m.kjhfd.cn

          地中海貧血是由組成珠蛋白的X珠蛋白鏈和B珠蛋白鏈基因突變的引起,它包括X 地中海貧血和B地中海貧血,世界疾病在我國南方各省區(qū)的發(fā)病率相當高,個別地區(qū) 可達18%,它的嚴重的影響人口的質(zhì)量.

          一、地中海貧血的臨床

            (一)X地中海貧血的臨床:X地中海貧血在臨床上可分為四 種類型①HbBarst胎兒水腫綜合征②HbH?、圯p型(標記型)X地中貧血及④靜止型地中 海貧血.(二)B地貧在臨床上亦分為四型①重型B地中海貧血,②輕型B地中海貧血③中 間型地中海貧血及④遺傳性胎兒Hb持續(xù)存在癥.其中第④類型較為常見.

          二、地中海貧血的遺傳學

            (一)α地中海貧血:α地中海貧血的發(fā)生是由于α珠蛋 白鏈基因突變的結(jié)果,α珠蛋白是基因定位于16P16-4er),每條染色體上均有兩個α 珠蛋白基因,該基因其長30Kb其中包括有兩個假基因和一個胚胎性Hb鏈基因,每個α 基因含有兩個內(nèi)含子和3個外顯子總長約0.5Kb.(二)β地中海貧血:β地中海貧血由β 珠蛋白鏈基因突變所引起,該基因定位于11P15.5,總長度約70Kb,其中有許多胚胎性基因及假基因,而β珠蛋白基因有兩個內(nèi)含子和3個外顯子,總長約為1.126Kb.

          三、α和β珠蛋白基因的突變類型

            (一)α-基因的突變:在α-基因的突變中,以 缺失型突變最為常見,其缺失的范圍可從兩個α-基因均缺失至一些小片段的缺失均 可在人群中檢出,α-基因的另一突變即為單堿基置換,目前已發(fā)現(xiàn)的突變有18種以 上,它包括錯義突變,無意突變剪接部位突變及起始信號突變.(二)β-基因的突變: β-基因的突變以點突變?yōu)橹鳎磫魏塑账嶂脫Q是β-基因的主要突變類型,它亦有堿基的括入和缺失,在我國檢出的β-基因點突變見下表:

          位置
          性質(zhì)
          對基因功能影響
          類型
          啟動子區(qū)(TATA)    
           
          -32 CA  
           
          -30 TC mRNA轉(zhuǎn)錄效率下降
           
          -29 AG β鏈合成減少
          β+
          -28 AG  
           
          RNA剪接基因突變    
           
          IVS-1n1 GT  
           
          IVS-1n5 GC mRNA合成異常
          β+
          IVS-13 TG  
           
          IVS-2n654 CT  
           
          誤義突變    
           
          CD26 GA  
          無意突變    
           
          CDn AT β鏈合成短
          β
          CD43 GT  
           
          突變    
           
          缺失: CD8—AA  
           
            CD31—C  
           
            CD41/42-TCTT  
           
          括入 40±43-AAAC  
           
            CD14/15G  
            
            CD27/28C  
           
            CD71/72T,+A  
           
          起始裂解     
           
            ATGAGG  
           

          四、PCR技術(shù)在α地貧基因診斷中的應(yīng)用

            α地貧是由α珠蛋白基因不同范圍的缺 失及點突變所致,但以缺失型突變最為常見,因此,α地貧PCR診斷的主要任務(wù)就在于快速檢出α珠蛋白基因的缺失片段.

          (一)α基因全部缺失(--1--)的PCR診斷

            α基因全部缺失所引起的臨床表現(xiàn)為HbBar+胎兒水腫綜合征,用PCR方法檢測等,其反應(yīng)體系組成如下:

            引物:

            PC01;5'TACTGTAGATACCCGTGTACAA3'

            PC02;5'ATCARGGAAACATAGTAAT3'

            PC03;5'ACACAACTGTGTTACCTAGC3'

            PC04;5'CAACTTCATCCACGTTCACC3'

            擴增片段:αPC01-PC02;136;-

            βPC03-PC04;110;110

            擴增條件:93℃(30'');45℃(30'');65℃

            檢測:3%珠脂糖電泳

            注):PCO3和PCO4擴增片段位于β基因,作為內(nèi)對照.

            結(jié)果判定:在正常人PCO1-PCO2擴增片段為B6bp,PCO3-PCO4為110bp,而HbBart胎兒水腫綜合征僅有PC)3-PCO4的110擴增片段而無PCO1和PCO2的136bp擴增產(chǎn)物.

          (二)部分α基因缺失型的PCR檢測

            除HbBart胎兒水腫外,在α地貧中,尚有部分α基因缺失的類型,它仍是α地貧2,α地貧HbH病,應(yīng)用PCO1和PCO2時正常和缺失染色體均有擴增,因此對2,2,HbH及正常個體不能鑒別,因此又有人設(shè)計了一組新的引物體系進行α基因缺失的檢測,該本系的組成及操作過程如下

          引物名稱
          序列位置
           
          S1
          F5'GTGTTCTCAGTAT
          TGGAGGGAA3'
          4 S1 3'
          S2
          F5'GACACGCTTCCA
          ATACGCTTA3'
          α3'HVR 5'
          S3
          R5'CTACTGCAGCCT
          TGAACTCC3'
          4α2 5'
          α1
          F5'CGGGCCTGGGCC
          CTCGGCCC3'
           
           
          R5'CCACGGGGGTAC
          GGGTGCAG3'
          二者的3'
          α2
          F5'CGGCTGCGGGCC
          TGGGCCGC3'
           
           
          R5'ATTCCGGGACA
          GAGAGAACC3'
           

          五、PCR技術(shù)在β地貧基因診斷中的應(yīng)用

            β地貧的基因突變主要是單堿置換.目前在世界范圍內(nèi)發(fā)現(xiàn)的單堿基置換達160余種,其中在中國發(fā)現(xiàn)的有21種,由于β珠蛋白基因的突變主要為單堿基堿置換,因此其診斷途徑與β地貧完全不同,其診斷的主要目的即檢出點突變.

          (一)檢測已知突變位點

            1.PCR-ASD與ROB

            PCR-ASO是快速簡便的檢測已知β珠蛋白基因點突變的方法,主是利用PCR技術(shù)擴增靶基因的適當片段,然后用人工合成的含突變位點的標記寡核苷酸探針,逐一篩查,泛檢測的反應(yīng)體系包括.

            引物:見下表

          引物名稱
          位置
          序列
          擴增片段大
          bp
          βA
          -129--104 A5'GTACGGCTGTCATC
          ACTTAGACCTCA3'
          AB600
          βB
          編碼97-89 B5'TGCAGCTTGTCACA
          GTGCAGCTCACT3'
          CD422
          βC
          EVS-2475-476 C5'GTGTACACATATTG
          ACCAAA3'
          AD1502
          βD
          編碼114108 D5'AGCACACAGACCA
          GCACGTT3'
          41

            點膜與雜交:PCR-ASO是將PCR擴增產(chǎn)物點于雜交膜上,然后與上述的ASO探針雜交,根據(jù)雜交的結(jié)果判斷分析,以確定突變位點RDB以改傳統(tǒng)的雜交途徑,它是將一系列的標記ASO探針固定在膜上,然后用之與PCR擴增產(chǎn)物進行雜交,使檢測程序大大簡化.

            張是增等人根據(jù)我國常見的β基因突變情況,將185突變分為兩組,一組為常見的,另一組為非常見,與這些突變相對應(yīng)的ASO探針反分為兩組,將這些探針固定于膜上,再與相反的PCR擴增產(chǎn)物進行雜交,常用的7ASO探針可檢出98%的中國人β基因點突變同RDB方法簡便,快速,使用非同項素標記的ASO探針使之節(jié)約于推廣,而是探針膜條便于保存和運選.

            2.等位特異PCR(ASAPCR)

            ASAPCR是檢測已知β基因突變優(yōu)點進行β地貧基因診斷又一有效手段,有人用該方法檢測Cordows41-42,TVSnt654,CD17TATA-28CD71-72,這五種我國南方常見的β基因點突變診斷β地貧,完成的用于產(chǎn)前診斷.

            3.PCR-RFLP檢測引起內(nèi)切酶切點改變的突變診斷β地貧.

          突變位置
          內(nèi)切酶
          切點影響
          β
          Mnl
          丟失
          CD17
          Mae
          生成
          -29
          NIa
          生成
          CD43
          Hinf
          消失
          TVS-1nt1
          BsPM
          消失
          CD41-42
          HinFZ
          酶解產(chǎn)物變化

          (二)突變性質(zhì)不明β地貧的診斷

            在β地貧中,尚有一部分人群的基因突變性質(zhì)不明,但臨床表現(xiàn)為β地貧則可用PCR-SSCP、PCR-DGGE、PCR-TGGG進行突變片段篩查,然后對異常的片段進行快速測定,以確定突變位置性質(zhì)及β地貧的關(guān)系.

           

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