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脈沖場凝膠電泳（PFGE）的原理大致為：

細(xì)菌包埋于瓊脂塊中，用適當(dāng)?shù)膬?nèi)切酶在原位對整個(gè)細(xì)菌染色體進(jìn)行酶切，酶切片段在特定的電泳系統(tǒng)中通過電場方向不斷交替變換及合適的脈沖時(shí)間等條件下而得到良好的分離。

PFGE中內(nèi)切酶的選用至關(guān)重要，所采用的內(nèi)切酶常為寡切點(diǎn)酶（low frequency cleavagerestric-tionendoucleases），這種酶切后的片段少而大，適合于作PFGE電泳。McCllelland等通過對細(xì)菌的PFGE電泳圖譜的內(nèi)切酶的選擇研究發(fā)現(xiàn)，四核苷酸CTAG在許多GC含量>45%的細(xì)菌染色體中是很少見的，在他們所試驗(yàn)的16個(gè)細(xì)菌的染色體中，被1個(gè)或多個(gè)可識別CTAG位點(diǎn)的內(nèi)切酶酶切，每100000bps中不到一次，這些酶的識別序列分別為：XbaⅠ（TCTAGA），SepⅠ（ACTAGT），AvrⅡ（CCTAGG）和NheⅠ（GCTAGC）。同樣地，在許多含G+C<45%的基因組，CCG和CGG更少。這樣用SmaⅠ（CCCGGGG）、R srⅡ（CGGWCGG）、NaeⅠ（GCCGGC）和SacⅡ（CCGCGG）進(jìn)行酶切，對產(chǎn)生平均超過100000bps片段是非常合適的。

對PFGE結(jié)果的觀察，可因不同研究者而出現(xiàn)較大差異，據(jù)此，Tenover等經(jīng)過多年的研究提出了PFGE的解釋標(biāo)準(zhǔn)：

(1)相同（indistinguishable）：酶切圖譜間有同樣的條帶數(shù)，且相應(yīng)條帶大小相同，流行病學(xué)上則認(rèn)為相同，這種經(jīng)PFGE證實(shí)的結(jié)果，用其它方法檢測不可能顯示實(shí)質(zhì)性的差異。

(2)緊密相關(guān)（closelyrelated）：PFGE試驗(yàn)中，其它克隆株與暴發(fā)克隆株有一致的單一基因事件的改變，如點(diǎn)突變、插入或DNA缺失。典型的情況下，這種變化可導(dǎo)致2～3條帶的差異，當(dāng)一些分離菌株被多次重復(fù)培養(yǎng)或自同一病人多次分離時(shí)可觀察到這種現(xiàn)象。

(3)可能相關(guān)（possiblyrelated）：兩個(gè)獨(dú)立的基因情況所致的一致的差異，如出現(xiàn)了4～6條帶差異，此時(shí)能用簡單的插入或DNA缺失或限制性位點(diǎn)的獲得或缺失來解釋。這些菌株與暴發(fā)株間遺傳基因不緊密相關(guān)，流行病學(xué)上也不大可能相關(guān)，在長于6個(gè)月時(shí)間及大范圍的暴發(fā)中收集的菌株可出現(xiàn)這類情況。

(4)不相關(guān)（unrelated）：1個(gè)分離菌株通過3個(gè)更多個(gè)獨(dú)立的基因事件所致的一致的改變，其PFGE圖譜與暴發(fā)克隆株樣式不同，則可認(rèn)為與暴發(fā)克隆株不相關(guān)（一般總有7個(gè)或更多個(gè)條帶的差異）。典型情況下，這一分離株常只有少于50%的良好的分離的片段出現(xiàn)在暴發(fā)株圖譜樣式中。