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          生物資訊

          2011年9月29日《自然》雜志精選

          作者:霽茗 整理 來(lái)源:《自然》中文版 發(fā)布時(shí)間: 2011-10-19 17:45  瀏覽次數(shù):
          購(gòu)買(mǎi)進(jìn)口儀器、試劑和耗材——就在始于2001年的畢特博生物 m.kjhfd.cn

          封面故事: 一個(gè)GPCR跨膜信號(hào)作用復(fù)合物的結(jié)構(gòu)被確定

          一個(gè)細(xì)胞對(duì)荷爾蒙和神經(jīng)傳輸物質(zhì)的反應(yīng)的絕大部分以及視覺(jué)、嗅覺(jué)和味覺(jué)等,都是由“G-蛋白耦合受體” (GPCRs)調(diào)控的。這使得GPCRs潛在成為人體中最重要的一組藥物目標(biāo)。GPCRs深深嵌入在細(xì)胞膜中,與細(xì)胞膜交叉7次,所以,正如在最近一篇News Feature (go.nature.com/ftQNX4)文章中所介紹的那樣,要確定這些復(fù)合物的結(jié)構(gòu)特別具有挑戰(zhàn)性?,F(xiàn)在,人們等待已久的一個(gè)GPCR跨膜信號(hào)作用復(fù)合物的X-射線晶體結(jié)構(gòu)已被Brian Kobilka的研究組確定,其論文的最終版本發(fā)表在本期Nature上。所發(fā)表的結(jié)構(gòu)是與Gs(腺苷酸環(huán)化酶的刺激性G蛋白)形成復(fù)合物的“β2腎上腺素能受體”的一個(gè)“被激動(dòng)劑占據(jù)的單體”的結(jié)構(gòu)。另一篇與其相伴的論文介紹了利用“肽酰胺氫-氘交換質(zhì)譜”對(duì)這一信號(hào)作用復(fù)合物的蛋白動(dòng)態(tài)所做的探測(cè)研究。

          發(fā)動(dòng)蛋白的結(jié)構(gòu)和功能

          發(fā)動(dòng)蛋白是一種GTP酶,在“成籠蛋白”調(diào)控的“內(nèi)吞”過(guò)程中催化囊泡斷裂。兩項(xiàng)彼此相關(guān)的研究工作介紹了包括GTP酶域、成束信號(hào)作用元素、莖部和Pleckstrin同源域在內(nèi)的發(fā)動(dòng)蛋白-1的晶體結(jié)構(gòu)。與發(fā)動(dòng)蛋白相關(guān)的蛋白是膜結(jié)構(gòu)的普遍調(diào)控因子,這些結(jié)構(gòu)有助于了解發(fā)動(dòng)蛋白-1的自組裝以及膜斷裂事件等的機(jī)制。

          SUMO1 l的水平與心臟衰竭有關(guān)

          SERCA2a是一個(gè)在激發(fā)-收縮耦合過(guò)程中負(fù)責(zé)鈣重新攝取的ATP酶。SERCA2a的水平和活性在心臟衰竭中降低,而將SERCA2a輸送到發(fā)生衰竭的心臟中去的一種基因療法正在臨床試驗(yàn)中進(jìn)行驗(yàn)證?,F(xiàn)在,Roger Hajjar及其同事發(fā)現(xiàn),SUMOylation是保持SERCA2a的穩(wěn)定性和活性所必需的,而SUMO1的水平在衰竭中的心臟中降低。所謂SUMOylation,是指附著SUMO蛋白(即“小泛素樣修飾蛋白”)的過(guò)程。他們還在一個(gè)小鼠心臟衰竭模型中發(fā)現(xiàn),SUMO1的基因輸送可以將心臟功能恢復(fù)到SERCA2a的輸送所能達(dá)到的同樣程度,這說(shuō)明SUMO1是治療心臟衰竭的一個(gè)潛在治療候選對(duì)象。

          Tet3對(duì)受精卵的重新編程

          一個(gè)合子(受精卵)中的父方基因組,在雄性和雌性原核融合之前經(jīng)歷活躍的DNA去甲基化,這一過(guò)程與5-甲基胞嘧啶(5mC)被氧化成5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)的過(guò)程同時(shí)發(fā)生。在這項(xiàng)研究中,Gu等人培育出了缺少雙加氧酶Tet3的催化活性的基因剔除小鼠。在缺失Tet3的合子中,父方基因組中5mC向5hmC的轉(zhuǎn)化未能出現(xiàn),而且5mC的水平保持不變。另外,父方Oct4和Nanog基因的去甲基化也受阻。因此,Tet3-調(diào)控的5mC氧化有助于合子父方基因組中的去甲基化和基因激發(fā)。

          NLR家族凋亡抑制蛋白的特異性作用

          炎性體(即inflammasomes,它們是先天免疫中所涉及的多蛋白復(fù)合物)通過(guò)激發(fā)caspase-1蛋白酶誘導(dǎo)針對(duì)致病微生物的免疫反應(yīng)?,F(xiàn)在,兩個(gè)小組報(bào)告,被稱為NAIPs(NLR家族的凋亡抑制蛋白)的細(xì)胞內(nèi)受體(以前被認(rèn)為在識(shí)別微生物蛋白中有輔助作用)事實(shí)上在該過(guò)程中起中心作用。Eric Kofoed 和 Russell Vance以及Feng Shao和同事發(fā)現(xiàn),NLR家族的不同成員與不同的細(xì)菌配體相結(jié)合,包括細(xì)菌鞭毛蛋白和一個(gè)保守的細(xì)菌性Type III分泌系統(tǒng)桿蛋白。

          “矮造父變星”上的“星震”

          有時(shí)稱為“矮造父變星”的Delta Scuti (δSct)星,其亮度會(huì)因氦離子化的變化而變化。研究人員預(yù)測(cè),表面對(duì)流應(yīng)會(huì)發(fā)生在δSct星上,造成與在太陽(yáng)上所觀察到的相似的“星震”振蕩,但此前一直沒(méi)有可能對(duì)其進(jìn)行觀察。現(xiàn)在Antoci等人報(bào)告,他們?cè)?delta;Sct星HD 187547上檢測(cè)到了與太陽(yáng)相似的振蕩,表明表面對(duì)流能夠在比太陽(yáng)大兩倍的恒星上高效地發(fā)生。

          固體量子寄存器

          固體中的電子和核自旋,是可擴(kuò)展量子信息處理的有吸引力的候選對(duì)象,但“單次檢測(cè)”(即single-shot detection,這種檢測(cè)使糾錯(cuò)和遠(yuǎn)距離傳輸?shù)冗M(jìn)一步的關(guān)鍵步驟成為可能)此前只對(duì)“孤立量子位”做到過(guò)?,F(xiàn)在,Robledo等人演示了基于金剛石中一個(gè)“氮-空穴中心”的電子自旋所實(shí)現(xiàn)的對(duì)一個(gè)量子寄存器的高保真制備和“單次讀出”。他們利用這一讀出數(shù)據(jù)將多達(dá)三個(gè)附近的核自旋量子位投射到了一個(gè)明確的狀態(tài)之上。

          由厄爾尼諾事件造成的植物生產(chǎn)力的變化

          對(duì)全球尺度的植物碳吸收或總初級(jí)生產(chǎn)力(GPP)進(jìn)行量化一直有困難,因?yàn)闆](méi)有在大于葉子水平之上的尺度上所進(jìn)行的直接測(cè)量結(jié)果。對(duì)從散布在全球的取樣點(diǎn)所獲得的、有關(guān)大氣CO2氧同位素組成(18O/16O)的近30年時(shí)間的未發(fā)表的記錄所做的一項(xiàng)分析,提供了一個(gè)不依賴于模擬研究的估計(jì)GPP的手段。分析所獲數(shù)據(jù)顯示了由厄爾尼諾氣候事件驅(qū)動(dòng)的、以前沒(méi)有被識(shí)別出來(lái)的年際波動(dòng)。這個(gè)效應(yīng)通過(guò)熱帶水文循環(huán)從熱帶傳播到高緯度地區(qū)。從厄爾尼諾事件的恢復(fù)是迅速的,說(shuō)明CO2的周轉(zhuǎn)時(shí)間要短于人們普遍所假設(shè)的數(shù)值,而對(duì)全球GPP的最好估計(jì)值為每年150-175 pg (一個(gè)pg相當(dāng)于1000萬(wàn)億克),不是目前所估計(jì)的120pg。

          從恐龍到鳥(niǎo)類的腳趾演化

          鳥(niǎo)類今天幾乎普遍被認(rèn)為是恐龍的后代,但始終存在一個(gè)問(wèn)題。恐龍的三個(gè)腳趾通常被認(rèn)為對(duì)應(yīng)于先祖四足動(dòng)物的第1、第2和第3個(gè)腳趾,而鳥(niǎo)類的腳趾則似乎對(duì)應(yīng)于第2、第3和第4個(gè)腳趾。解決這個(gè)問(wèn)題的一個(gè)辦法是提出這樣一個(gè)假設(shè):一個(gè)“同源框架變化”(homeotic frame shift)在演化過(guò)程中改變了各腳趾的身份。現(xiàn)在,Gunter Wagner及其同事所做工作為這一假設(shè)提供了證據(jù):他們通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究發(fā)現(xiàn),小雞腿上的第1趾與其翅膀上的第2趾有相同的轉(zhuǎn)錄組。換句話說(shuō),翅膀上的第1趾在演化中發(fā)生了同源變化。然而,所有其他趾的身份仍不是很清楚。

          第一個(gè)爬行動(dòng)物基因組被測(cè)序

          第一個(gè)非禽類爬行動(dòng)物的基因組已被測(cè)序,它就是北美綠色安樂(lè)蜥(Anolis carolinensis)的基因組。安樂(lè)蜥是研究適應(yīng)性輻射和趨同進(jìn)化的一個(gè)新興模型生物。它的基因組包括一個(gè)與已知脊椎動(dòng)物性染色體都不同源的以前不知道的X-染色體,同時(shí)還包括一些微染色體,它們與鳥(niǎo)類的微染色體有共同祖先、但卻沒(méi)有其不尋常特點(diǎn)。

          在宇宙尺度上對(duì)廣義相對(duì)論的驗(yàn)證

          在宇宙這樣大的尺度上來(lái)驗(yàn)證廣義相對(duì)論,對(duì)于現(xiàn)代宇宙學(xué)來(lái)說(shuō)仍是一個(gè)根本性挑戰(zhàn),因?yàn)橛钪鎸W(xué)的理論框架是由引力限定的,而關(guān)于引力的當(dāng)前模型就是廣義相對(duì)論?,F(xiàn)在,Wojtak等人發(fā)現(xiàn),廣義相對(duì)論的一個(gè)經(jīng)典驗(yàn)證(從一個(gè)引力勢(shì)阱向外傳播的光子所體驗(yàn)到的引力紅移),提供了獨(dú)立于宇宙學(xué)來(lái)在幾百萬(wàn)秒差距的尺度上驗(yàn)證引力的一個(gè)直接手段。他們對(duì)來(lái)自星團(tuán)中各星系的光發(fā)生的引力紅移所做的觀測(cè),在99%的置信度水平上與廣義相對(duì)論的預(yù)測(cè)是一致的,但與設(shè)計(jì)用來(lái)避開(kāi)暗物質(zhì)存在的其他模型是不一致的。

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